Spring Boot / JPA / mySQL - връзката много към едно създава твърде много SQL заявки

Това може да е n + 1 проблем.

Можете да използвате JOIN FETCH във вашата JPA заявка, за да коригирате това.

Актуализирайте вашето JPA хранилище по този начин

public interface MessagesRepository extends CrudRepository<Message, Long> { 
    
    @Query("Select m from Message m join fetch m.sender ms join fetch m.receiver mr where ms.id = :senderId or mr.id = :receiverId order by m.time desc")
    List<Message> findBySenderIdOrReceiverIdOrderByTimeDesc(Long senderId, Long receiverId);

}

За по-подробно обяснение вижте това отговор.

PS: Не съм тествал заявката.