docker-entrypoint-initdb.d папката ще се стартира само веднъж, докато контейнерът е създаден (инстанциран), така че всъщност трябва да направите docker-compose down -v за да активирате отново това за следващото изпълнение.
Ако искате да можете да добавяте sql файлове във всеки един момент, можете да разгледате тук специализирано изображение за докер MySql... http ://ivo2u.nl/o4
