Да, това е слабо ограничение на MySQL. Ако преминавате през приложение, можете да добавите извикване time() за колоната created_at и да оставите колоната updated_at да използва CURRENT_TIMESTAMP.
$sql = "INSERT INTO my_table SET name = 'Mike', created_at = " . time();
Бих избрал да направя това в колоната created_at, тъй като вероятно няма да се докосва толкова често, колкото колоната updated_at.
-- Редактиране --
Още по-добре, използвайте вградения в MySQL now()
функция. По този начин трябва да се интересувате само от часовата зона на mysql сървъра, а не от часовите зони на сървъра на приложения И сървъра на mysql.
$sql = "INSERT INTO my_table SET name = 'Mike', created_at = NOW()";