Използвайте функцията UNIX_TIMESTAMP.
SELECT (UNIX_TIMESTAMP(mydate)*1000) FROM...
UNIX_TIMESTAMP ще ви даде секунди и трябва да умножите по 1000, за да получите милисекунди.
За да конвертирате обратно, използвайте функцията FROM_UNIXTIME().
SELECT FROM_UNIXTIME(date_in_milliseconds/1000) FROM ...
Отново трябва да разделите на 1000, за да получите секунди, преди да използвате функцията.