Гледах на грешното място! Проблемът не идваше от бегача, а от самия SONAR. Трябваше да променя конфигурационния файл на сонара '/opt/sonar' и да го рестартирам. На страницата с настройки сега виждам, че сонарът работи на mysql. Изправен съм пред друг проблем с бегача, но той не е свързан с проблема по-горе.
Така че основно се уверете, че и SONAR, и SONAR-RUNNER са конфигурирани да работят с mysql.
