JPA много към много връзка не се вмъква в генерираната таблица

Опитайте това:

public class Professor {
  @ManyToMany(cascade = CascadeType.ALL, fetch = FetchType.EAGER)
  @JoinTable(name = "ALUNO_PROFESSOR",
        joinColumns = @JoinColumn(name = "idProfessor", referencedColumnName = "idProfessor"),
        inverseJoinColumns = @JoinColumn(name = "idAluno", referencedColumnName = "idAluno"))
  private List<Aluno> alunoList;
}

public class Aluno {
  @ManyToMany(cascade = CascadeType.ALL, fetch = FetchType.EAGER)
  @JoinTable(name = "ALUNO_PROFESSOR",
        joinColumns = @JoinColumn(name = "idAluno", referencedColumnName = "idAluno"),
        inverseJoinColumns = @JoinColumn(name = "idProfessor", referencedColumnName = "idProfessor"))
  private List<Professor> professorList;
}

Това ще гарантира, че метаданните за връзката много към много са достъпни и за двата обекта и че операциите от двете страни на връзката са каскадни към другата страна.

Предлагам също да замените FetchType.EAGER с FetchType.LAZY за по-добра производителност, защото това има потенциал за зареждане на много голям набор от данни.