Вдъхновен от отговор на подобен въпрос - Конфигурирайте spring за свързване с mysql през ssl .
Настройките на SSL могат да бъдат предадени в URL адреса:
url="jdbc:mysql://ip.address:3306/db?autoReconnect=true&verifyServerCertificate=false&useSSL=true&requireSSL=true"/
Не намерих начин как да направя verifyServerCertificate=true
опцията работи - вероятно ще трябва да посочите местоположението на сертификата на CA, някои настройки за това.