Нямате нужда от клаузи ON в JPA, защото JPA вече знае как обектите са асоциирани благодарение на анотациите за картографиране.
Освен това избирате application , което не е псевдоним, дефиниран във вашата заявка.
И вашите съединения нямат смисъл.
Заявката трябва да бъде просто
select application FROM Application a
join a.customer c
join c.users u
where u.id = :userId
Прочетете документацията за Hibernate, за да разберете как работят HQL и присъединяванията.
