Тъй като @alexrussell потвърди моето убеждение, почти съм сигурен, че можете да дефинирате механизма за съхранение само когато създавате таблицата с Schema::create() .
Въпреки това винаги можете да използвате необработен SQL като последна мярка:
DB::statement('ALTER TABLE tests ENGINE = InnoDB');
