Чрез вмъкване на реда:
<property name="testQuery" value="SELECT 1"/>
в конфигурацията на източника на данни изглежда, че връзката е тествана преди употреба и се свързва отново, ако е мъртва. Опитах я с wait_timeout=60
и дори с рестарт на MySQL-Server, докато приложението ми работеше...
Резултат:няма повече изключения и грешки!