Не може да се свърже с MySql база данни на отдалечен linux сървър от Windows GUI инструмент

Обикновено не ви препоръчвам да отваряте порт 3306 за публичен достъп (или дори с IP ограничения). Аз лично винаги тунелирам порт 3306 с Putty/ssh и след това просто използвам localhost, за да се свържа с базата данни.

В този случай не забравяйте да предоставите привилегии на потребителя по следния начин:

grant all privileges on yourDatabaseName.* to 'yourUserName'@'localhost' identified by "yourUsersPassword";

Ако все пак искате да осъществите директна връзка, възможно е вашият потребител все още да няма достатъчно привилегии. Можете да опитате това:

grant all privileges on yourDatabaseName.* to 'yourUserName'@'yourClientsIp' identified by "yourUsersPassword";