Проблемът не е в различните бази данни.
Вашата клауза WHERE препраща към полето database_1.table_1.data_1, което не е предоставено в клаузата FROM.
Не сте ли имали предвид нещо като
SELECT *
FROM database_2.table_2
JOIN database_1.table_1
ON (database_2.table_2.some_field = database_1.table_1.some_other_field)
WHERE database_1.table_1.data_1 LIKE database_2.table_2.data_2
?
Също така,
echo mysql_error();
след неуспешната ви заявка - това ще ви даде представа какво не е наред.