От документацията:
Правилни стъпки за импортиране на обекти от базата данни:
php bin/console doctrine:mapping:import --force AcmeBlogBundle xml
php bin/console doctrine:mapping:convert annotation ./src
php bin/console doctrine:generate:entities AcmeBlogBundle
Можете да използвате xml или yml , но работешесамо с xml за моя случай.