PDOStatement се връща за всяка заявка, която се изпълнява. Ще можете да използвате PDOStatement->rowCount() по всяко време във вашия код (по време на или след транзакция и връщане/комит няма значение). Всеки обект сам се грижи за поддържането си.
Причината, поради която mysql_affected_rows има тази бележка за транзакцията е, че знае само един ресурс за връзка на mysql. Това означава, че когато завършите транзакцията (commit/rollback), нова заявка е била изпратена до DB, като по този начин се променя кой резултат се обработва за броя на засегнатите редове.