Новите версии на MySQL WorkBench имат опция за промяна на конкретни изчаквания.
За мен беше под Редактиране → Предпочитания → SQL редактор → Време за изчакване на DBMS връзката (в секунди):600
Стойността е променена на 6000.
Също така немаркираните лимитни редове, тъй като поставянето на лимит всеки път, когато искам да търся целия набор от данни, става уморително.