Използвал съм широко MS SQL Server. Основната разлика е, че MS SQL Server работи само с Windows платформа. MySQL работи с всички платформи. MySQL е с отворен код и сега е закупен от Oracle, така че никой не знае съдбата на MySQL. Ако работите с .NET или Windows платформа, бих предложил да работите с MS SQL, в противен случай очевидният избор е MySQL. LAMP използва MySQL. Големи компании като Facebook използват LAMP и следователно MySQL. Много банки като Chase използват .NET и следователно предимно MS SQL Server. Ако сте фен на Windows, изберете MS SQL сървър. Ако сте човек, който вярва в отворения код, изберете MySQL.
