Можете да разгледате как да промените тези свойства на mysql сървъра:
nano /etc/mysql/my.cnf
query_cache_size=16M
key_buffer_size=256M
Или може би дори опитайте да увеличите допустимото време за изпълнение на заявката от mysql клиента:
SET GLOBAL MAX_STATEMENT_TIME=1000;
преди да изпълните заявката си.