Най-вероятното обяснение е, че MySQL избира различен план за изпълнение, когато добавите този предикат.
Можете да сравните изхода EXPLAIN от двете заявки, тази с journey_day.day=3
предикат и този без.
Бих се осмелил да предположа, че MySQL избира различен ред на присъединяване и MySQL избира да използва индекс, който има day
като водеща колона, когато предикатът е включен. И вероятно това води до много повече редове за достъп и проверка или вероятно MySQL генерира голям междинен набор, преди да филтрира редове.