mysqlhotcopy не работи в определени случаи, когато четенето е загубено и не работи с INNODB таблици.
mysqldump се използва повече, защото може да архивира всички видове таблици.
От документацията на MySQL
mysqlhotcopy е скрипт на Perl, който първоначално е написан и предоставен от Тим Бънс. Той използва LOCK TABLES, FLUSH TABLES и cp или scp за бързо архивиране на база данни. Това е най-бързият начин да направите резервно копие на базата данни или отделни таблици, но може да се изпълнява само на същата машина, където се намират директориите на базата данни. mysqlhotcopy работи само за архивиране на MyISAM и ARCHIVE таблици. Работи на Unix и NetWare
mysqldump client е програма за архивиране, първоначално написана от Игор Романенко. Може да се използва за изхвърляне на база данни или колекция от бази данни за архивиране или прехвърляне към друг SQL сървър (не непременно MySQL сървър). Дъмпа обикновено съдържа SQL изрази за създаване на таблицата, попълването й или и двете. Въпреки това, mysqldump може да се използва и за генериране на файлове в CSV, друг текст с разделители или XML формат.
Чао.
