Вероятно изпълнявате ajax заявки, това е често срещан проблем...
Бих ви предложил да използвате база данни за сесии и да правите ajax извиквания, за да не актуализирате сесията...
Направете това в класа за сесия
class MY_Session extends CI_Session {
public function sess_update()
{
$CI =& get_instance();
if ( ! $CI->input->is_ajax_request())
{
parent::sess_update();
}
}
}