Най-накрая намерих неговото решение. Запазете sh файл, достъпен на https://gist.github.com/943776 и изпълнете"./mysql2sqlite.sh DBNAME --databases DBNAME -u DB_USERNAME -pDB_PASSWORD | sqlite3 database.sqlite
"(без qoutes и с "`") в php файл. Запазете и двата файла в една папка