Моят код започна да има точно този проблем, след като направих актуализация на пакета за цялата система на 29.03.2017 г. за първи път от 01.02.2017 г.
Разглеждайки версията за RMySQL,RMySQL_0.10.9.tar.gz, публикувана 2016-05-08 15:39RMySQL_0.10.10.tar.gz, публикувана 2017-03-21 07:50
Върнах моята версия до 0.10.9 и проблемът изчезна:
require(devtools)
install_version("RMySQL", version = "0.10.9", repos = "http://cran.us.r-project.org")
Публикувах проблема ви на страницата за грешки в RMySQL, така че ще видим дали ще го адресират