Съгласен съм с cgwyllie, че трябва да напишете уеб услуга, която ще действа като API към вашата база данни с методи, връщащи JSON (или XML).
След това методите на уеб услугата могат да бъдат извикани от вашия проект PhoneGap (бих препоръчал да разгледате jquery ajax api http://api.jquery.com/jQuery.ajax/ ).
Просто ще напиша уеб услугата на PHP или какъвто и да е език, който познавате.
