Съгласно документацията :
connection.end()
тогава се предполага, че се извиква само когато спрете да изпращате заявки към MySQL, т.е. когато вашето приложение спира. Не трябва да създавате/прекратявате връзки през цялото време:просто използвайте една и съща връзка за всичките си заявки (или използвайте пул от връзки, за да бъдете по-ефективни).