while($row= mysqli_fetch_assoc($dbcon,$result)){
$data[] = array("lat"=>$row["geo_lat"], "lon"=>$row["geo_long"], "value"=>1);
}
echo json_encode($data);
трябва да ви даде това, което търсите. когато създавате данни за json_encode, просто използвайте родни php типове вместо json, нека json_encode се погрижи за това