Сегашната ви техника изглежда достатъчно практична. Само една малка промяна.
Вместо да чакате грешка и след това да създавате колони една по една, можете просто да експортирате схемата, да направите разлика и да откриете всички липсващи колони във всички таблици.
По този начин ще бъде по-малко работа.
Вашият графичен интерфейс ще може да експортира само схема или следният превключвател на mysqldump ще бъде полезен, за да откриете всички липсващи колони.
mysqldump --no-data -uuser -ppassword --database dbname1 > dbdump1.sql
mysqldump --no-data -uuser -ppassword --database dbname2 > dbdump2.sql
Разликата на dbdump1.sql и dbdump2.sql ще ви даде всички разлики в двете бази данни.