как мога да създам система за маркиране с помощта на php и mysql?

Вие описвате връзка много към много между статии и етикети. Бихте искали да използвате междинна таблица за свързване, за да разрешите тази връзка.

Сега, за да намерите всички статии, които съответстват на избран маркер:

SELECT a.article_title
    FROM Tag t
        INNER JOIN Article_Tag_Xref atx
            ON t.tag_id = atx.tag_id
        INNER JOIN Article a
            ON atx.article_id = a.article_id
    WHERE t.tag_name = 'SelectedTagName'