Заявката трябва да бъде както по-долу, вие сте се присъединили към същата таблица и следователно проблемът с уникалния псевдоним. Добавих псевдоним на таблицата за по-добра четливост.
UPDATE
sales_flat_order sfo
INNER JOIN sales_flat_order_grid sfog
ON sfog.entity_id = sfo.entity_id
SET sfo.coupon_code = "newcoupon"
WHERE sfog.increment_id = "12345678" ;