Най-лесният начин да направите това вероятно е да деактивирате проверките на външни ключове, след което да съкратите таблиците. Тъй като външните ключове са деактивирани, редът, в който съкращавате таблиците, няма значение.
set foreign_key_checks = 0;
truncate table parent;
truncate table child;
truncate table ...
Можете дори да използвате information_schema, за да генерирате изразите за съкратена таблица вместо вас. Нещо като това:
select concat('truncate table ',table_schema,'.',table_name,';') as sql_stmt
from information_schema.tables
where table_schema = 'your_schema_name'
and table_type = 'base table';