Не е ясно какви настройки за издръжливост сте активирали в MyISAM или Innodb, нито дали използвате едноредови вложки или пакетни вложки и в двата случая.
Ако използвате едноредови вмъквания, не използвате транзакции и имате активирана издръжливост (настройката по подразбиране в InnoDB), тогава е вероятно да видите производителността на InnoDB силно ограничена от изискването всяка транзакция да се запише в трайно съхранение ( диск) след вмъкване на всеки ред.
MyISAM няма такъв проблем, защото така или иначе не е издръжлив, т.е. ако машината се срине, повече или по-малко гарантирано ще загубите някои наскоро записани данни, за които базата данни е твърдяла, че са записани успешно (ако не и цялата таблица!).
Ако искате прилична производителност при вмъкване, използвайте пакетни вмъквания и/или транзакции, в противен случай просто измервате скоростта на запис, последвана от fsync(), което (на RAID контролер без батерии на ротационен магнитен носител) е само скоростта на въртене на вашия диск.
Така че причината innodb да е толкова последователен е, че измервате скоростта на въртене на вашия диск.
Като казахме, че ако имате натоварен сървър, определено, абсолютно искате да използвате RAID контролер с батерии, тогава можете да постигнете прилична производителност на транзакциите и правилна издръжливост (ако приемем, че захранването не се повреди по-дълго, отколкото батерията издържа, и сървърът не експлодира и т.н.).
