Как да получите стойността от Javascript Prompt Box и да я предадете в PHP променлива, за да можете да запишете в SQL?

Можете да изпратите стойност на скрит вход във формуляра и да я изпратите.

function MyReason(){
    var reason = prompt("Reason");
    document.getElementById("reason").value = reason;
    document.getElementById("form").submit();
}

<form id="form">
    <input type="hidden" id="reason" />
</form>