Изберете първите N *групи* с помощта на mysql

Вместо това направете това като присъединяване:

SELECT T.*
FROM T join
     (SELECT DISTINCT COMPANY_ID
      FROM T
      ORDER BY 1 DESC
      LIMIT N
     ) TN
     on TN.COMPANY_ID = T.COMPANY_ID;

Изричното свързване често се представя по-добре от in в where клауза.