Виждам две възможни решения за вашия проблем:
Заобикаляне на ENTRYPOINT за MySQL изображение
Намерете името на вашето изображение, като стартирате docker images
след това стартирайте:
docker run -it --entrypoint="/bin/sh" OPTIONS image
Това трябва да ви отведе до bash вътре в контейнера и от там можете да изпълните всички команди, които искате да намерите вашия my.cnf
файл. Въпреки че не знам дали редактирането на файла от там, запазете го и опитайте да го стартирате отново ще работи. Не пробвах.
Изтрийте старото изображение и използвайте правилния начин за редактиране на my.cnf
файла
Намерете името на вашето изображение, като стартирате:docker images
и след това го изтрийте, като стартирате docker rmi <image_name>
Проверете документите за изображенията на MySQL по подразбиране в MySQL Dockerhub е доста ясен по въпроса и цитирам:
От този момент и ако създадете my.cnf
файл на вашия хост, тогава никога повече няма да се сблъскате с този проблем, тъй като можете да редактирате файла толкова пъти, колкото искате.