Entity Framework MySQL tinyint(1) System.Boolean.Parse FormatException

Конфигурирайте типа данни за конкретен обект:

modelBuilder.Entity<User>()
                  .Property(p => p.Active)
                  .HasColumnType("bit");

или общо:

modelBuilder.Properties()
            .Where(x => x.PropertyType == typeof(bool))
            .Configure(x => x.HasColumnType("bit"));