Остави присъединяване, сумиране и броене на група по

Вашият проблем е, че когато имате два (или повече) store редове и две (или повече) pics редове за единична goods ред, в крайна сметка получавате продукта от всички комбинации от редове.

За да поправите това, направете агрегирането си, преди да се присъедините:

SELECT 
  good.id, 
  good.title, 
  IFNULL(s.storerest, 0) AS storerest, 
  IFNULL(p.picscount, 0) AS picscount
FROM goods 
LEFT JOIN (
  SELECT goodid, sum(rest) AS storerest
  FROM store
  GROUP BY goodid
) s ON (goods.id = s.goodid) 
LEFT JOIN (
  SELECT goodid, count(id) AS picscount
  FROM pics
  GROUP BY goodid
) p ON (goods.id = p.goodid)