MySQL SELECT DISTINCT трябва да е чувствителен към малки и големи букви?

Използвайте BINARY оператор за това:

SELECT DISTINCT(BINARY name) AS Name FROM X;

Можете също така CAST докато избирате:

SELECT DISTINCT 
(CAST(name AS CHAR CHARACTER SET utf8) COLLATE utf8_bin) AS Name FROM X;

Вижте този SQLPiddle