MySQL на дублиран ключ... да получите съществуващ ID?

Можете да добавите трета колона ModifiedDate и използвайте това:

insert into t(id, tag)
    select id, tag
    on duplicate key update ModifiedDate = now();

Това ще гарантира, че актуализацията наистина ще се случи и от своя страна, че LAST_INSERT_ID() връща стойност.