разделено със запетая поле за сравнение в mysql

Можете да използвате FIND_IN_SET :

SELECT seat
FROM sub_table AS t1
WHERE EXISTS (SELECT 1
              FROM main_table AS t2
              WHERE FIND_IN_SET(t1.seat_id, t2.seat_id) <> 0)

Въпреки това бих предложил нормализиране на таблицата main_table , тъй като винаги е лоша идея да съхранявате стойности, разделени със запетая, в едно поле, както правите.

Демо тук