Имаше същия проблем.
Инсталирайте MySQL Workbench
Изпълнете тази заявка:ALTER USER 'root'@'localhost' IDENTIFIED WITH mysql_native_password BY '123456789';
в MySQL Workbench
Върнете се обратно към Node.js и опитайте да стартирате файла отново. Би трябвало да работи, поне при мен.