Не. В MySQL „базите данни“ са по същество просто каталози, които нямат ефект върху начина, по който данните се съхраняват или отправят заявки.
Запитването на две таблици в различни бази данни е същото като запитването на две таблици в една и съща база данни от гледна точка на изпълнението на заявка.