Първо, ако целта на заявката е просто да провери синтаксиса, не я изпълнявайте! изпълнете обяснение, или добавете ограничение 0, или изпълнете срещу празна база данни.
Що се отнася до убийството, трябва да се свържете с база данни с root привилегии и издайте команда KILL (но трябва да знаете идентификатора на заявката). Или можете да убиете цялата нишка. Разгледайте mysqli::kill
Редактиране:изглежда, че нямате нужда от root привилегии, за да видите заявки от вашия потребител, използвайте команда SHOW PROCESSLIST