Аз се сблъсках със същия проблем. Оказва се, че системата не може да получи достъп до hibernate-configuration-3.0.dtd от предоставения URL адрес.
<DOCTYPE hibernate-configuration PUBLIC
"-//Hibernate/Hibernate Configuration DTD 3.0//EN"
"http://www.hibernate.org/dtd/hibernate-configuration-3.0.dtd">
И така, посочих го от локалната система.
<!DOCTYPE hibernate-configuration SYSTEM
"classpath://org/hibernate/hibernate-configuration-3.0.dtd">
Работеше добре за мен. Надявам се да помогне!