Не използвате SQLAlchemy вместо MySQLdb – използвате SQLAlchemy за достъп до нещо като MySQLdb, oursql (друг MySQL драйвер, който чувам, че е по-добър и има по-добра производителност), модула sqlite3, psycopg2 или какъвто и да е друг драйвер за база данни, който използвате.
ORM (като SQLAlchemy) помага да се абстрахират детайлите на базата данни, която използвате. Това ви позволява да се пазите от мръсните детайли на системата на базата данни, която използвате, като избягвате възможността за грешки понякога (и въвеждате възможността за други) и правите пренасянето тривиално (поне на теория).