Първо изтеглете най-новата версия на драйвера на mysql jdbc. Ето 5.1.36 , вътре има .jar файл, извлечете jar файл и поставете в директорията lib на инсталационната папка на BaseX. В windows това е
C:\Program Files (x86)\BaseX\lib
Рестартирайте сървъра или GUI. за GUI трябва да затворите всичко, по-добре да отворите от basexgui на директорията bin
sql:init("com.mysql.jdbc.Driver"),
let $con := sql:connect('jdbc:mysql://localhost:3306/DB_NAME', 'DB_USER', 'DB_PASSWORD')
return sql:execute($con, "select version()")
за подробни запитвания BaseX документация