Как да заменя идентификаторите на отдели, разделени със запетая, съответно с тяхното име?

Трябва да избягвате съхраняването на данни като стойности, разделени със запетая, и да следвате нормализирането.

В този случай обаче можете да направите нещо като

select 
e.id , 
e.name , 
group_concat(d.name) from employee e 
left join department d on find_in_set(d.id,e.department) 
group by e.id ;