Създайте временна таблица (съдържаща само стойностите value1 и value2) и я попълнете групово (т.е. потенциално можете да направите това с един оператор за вмъкване). След това направете актуализация, като използвате свързване между вашата съществуваща таблица и временната таблица.
Нещо като
INSERT INTO SomeTempTable(id, some_id)
VALUES (1,2), (3,4), (5,6), .......
UPDATE A
INNER JOIN
SomeTempTable ON A.id = SomeTempTable.id
SET
A.some_id = SomeTempTable.some_id;