Имах същия проблем преди няколко седмици. Папката на базата данни във файловата система беше собственост на грешен потребител. Прост chown -R mysql:mysql /var/lib/mysql/database_name
направи номера!
Всичко е обяснено тук:http://www.dinosources.eu/2010 /10/mysql-cant-create-table (италиански е, но е доста ясно)
Наздраве