MySQL Workbench работи на Windows и Linux. Комерсиалната версия ще ви позволи да проектирате и редактирате структурата на жива база данни, като безплатната трябва първо да изхвърлите структурата във файл. Неговият предшественик DBDesigner е малко по-стар, но няма това ограничение. Windows и Linux също.
Ако тези две са излишни, можете да опитате с HeidiSQL , потомък на MySQLFront. Работи само на Windows, но има алфа версия на Java.