Конфигурационните файлове са добре. Основната причина е грешка в опаковката на MySQL 5.6 за Ubuntu 16.04.
Ако проверите вашия /var/log/syslog, вероятно ще видите ред като този:
Sep 15 18:56:09 ip-172-31-18-162 kernel: [ 383.840275] audit: type=1400 audit(1505501769.234:50): apparmor="DENIED" operation="open" profile="/usr/sbin/mysqld" name="/etc/mysql/my.cnf.fallback" pid=25701 comm="mysqld" requested_mask="r" denied_mask="r" fsuid=0 ouid=0
Инструмент за сигурност, наречен AppArmor, отказва достъп до файл със символна връзка (/etc/mysql/my.cnf.fallback).
Опитайте това решение, което ще позволи символичните връзки да се четат от mysqld.
echo '/etc/mysql/** lr,' >> /etc/apparmor.d/local/usr.sbin.mysqld
systemctl reload apparmor
Сега mysqld трябва да види вашата персонализирана конфигурация.
Тази грешка изглежда е коригирана в пакета MySQL 5.7 Ubuntu.
