Трябваше също да премина към PyMySQL. Използвам pip 1.5.6, Python 2.7.8 и опитах mysql-connector 2.0.1
Успях да изпълня заявката от Sequel Pro без проблеми, но моята Python заявка щеше да се провали с грешката, описана във въпроса, след като върна само подмножество от резултати.
Превключих на PyMySQL и нещата работят според очакванията.
https://github.com/PyMySQL/PyMySQL
Във virtualenv:
pip install pymysql
В кода:
import pymysql
connection = pymysql.connect(user='x', passwd='x',
host='x',
database='x')
cursor = connection.cursor()
query = ("MYQUERY")
cursor.execute(query)
for item in cursor:
print item
Определено грешка в mysql-connector-python.